Вальтер не вынужден делать выбор, потому что сидит в своем уютном загоне и вещает оттуда правильные, человеческие  вещи;  как и Юрген, который обеспечил себе возможность говорить " вас не должен волновать Отдел, вас должен волновать я"; как и Никита со своим "Майкл, прости", а Майкл разгребает. 
А Майкл вынужден. Поэтому Вальтер и затруднился.
Пятипроцентники в Отделе не продержатся дольше пары дней, если не научатся при всем  своем сострадании выполнять приказы и сохранять самообладание. 
Майкл не безжалостен - иначе не было бы семьи, которой он помог, и не было бы  у Лизы ее  стартового миллиона; 
он бы не сожалел о гибели Юргена - а он сожалел искренне, я считаю;
Рене не в счет даже, как и Никита, и  Симона, и семья - это его часть.
Но он умеет дистанциироваться - поскольку очень чувствителен, очень тонко организован. И отстраняется от действительности, которую нужно осуществить - например, с Биркоффом, которого нужно было пристрелить, или защитить по его просьбе, и т.д. 
Часто перегибает палку в этом плане, потому что этически слеп, и не может определить точно,  достаточно ли он жёсток.  Но не слеп человечески)